单纯性肥胖儿童应注意因体脂过多而掩盖外生殖器，导致外生殖器发育迟缓。一般怀疑肥胖儿童是由内分泌异常引起的。事实上，由内分泌系统疾病引起的肥胖是罕见的，并伴有其他症状。
垂体和下丘脑病变可引起肥胖，称为肥胖性生殖无能症，但其体脂分布特殊，颈部、下巴、乳房、臀部和大腿上部最明显，手指尖细，颅内病变和生殖腺发育迟缓。一般肥胖也可能发生在颅脑损伤引起的间脑损伤中，但有尿崩、性功能低下等植物神经症状。
甲状腺功能减退时，体脂积聚主要在面部和颈部，常伴有粘液水肿，生长发育明显低，基础代谢率和食欲低。
肾上腺皮质肿瘤和肾上腺皮质激素的长期应用可引起柯兴氏综合征，包括脸颊、下巴脂肪积累，形成特殊面部、胸部、背部脂肪也较厚，常伴有高血压、皮肤紫色、头发增多和生殖器早熟。腹部有时会接触到肿块，X钙化阴影可见于腹部平片。一些糖尿病儿童和卵巢功能异常，如Stein-Leventhal肥胖也可见于综合征。
糖原积聚的肝脏可见面容肥硕，尤其是下腹和耻骨积脂。Prader-Willi综合征是另一种先天性代谢性疾病，从婴儿晚期开始肥胖，以及低肌肉张力、身体矮小、小手足、智力低下、生殖腺发育不全、斜视等症状，常在青春期并发糖尿病。Lauience-Moon-Biedl综合征是一种多发性畸形，包括指趾畸形、肥胖、视觉障碍和智力低下。
