周期性内斜视应与以下疾病鉴别，发病时间较长。
1.间歇性斜视(internaittent strabismus) 虽然周期性内斜视也具有间歇性的性质，但与一般的间歇性内斜视不同，后者没有时间周期规律。同时，在疲劳、调整和融合损伤的情况下，它不会像间歇性内斜视那样从隐斜变为显斜。
2.周期性动眼神经麻痹(cyclic oculomotor paralysis) 主要临床特征是动眼神经麻痹和痉挛周期性交替出现，周期极短，一般为几秒到几分钟。眼位向外下倾斜，伴有上睑下垂、瞳孔扩大、上睑上升或痉挛时退缩、瞳孔痉挛缩小、眼位恢复正确。
3.急性共同性内斜视(acute comitant esotropia) 经常突然发病，先复视，再内斜视，可表现为内隐斜视、间歇性内斜视或恒定性内斜视。眼球水平运动正常，各方向复像间距相等，无周期性规律。
