与其他滤泡性结膜炎相鉴别的疾病：
1.慢性滤泡性结膜炎(chronic follicular conjunctivitis) 原因尚不清楚。在儿童和青少年中很常见，它们都是双面的。下圆龙和下眼睑结膜大小均匀，滤泡排列整齐，无融合倾向。结膜充血和分泌物，但不肥厚，几年后无痕迹自愈，无角膜血管阴影。无分泌物、结膜充血等炎症症状称为结膜滤泡症(conjunctivial folliculosis)。一般不需要治疗，只有在有自觉症状时才能治疗慢性结膜炎。
2.春季结膜炎(vernal conjunctivitis) 眼睑结膜增生的乳头大而扁平，上穹顶没有病变，也没有角膜血管。大量嗜酸性细胞出现在结膜分泌物涂层中。
3.包括体性结膜炎(inclusion conjunctivitis) 本病与沙眼的主要区别在于，滤泡下穹顶和下眼睑结膜明显，无角膜血管阻塞。实验室可以通过对不同衣原体抗原的单克隆抗体进行免疫荧光检测来识别其抗原血清型，从而识别它们。
4.巨乳头性结膜炎(giant papillary conjunctivitis) 本病引起的结膜乳头可与沙眼滤泡混淆，但角膜接触镜配戴史明确。
5.沙眼：可发生任何年龄，上睑结膜和上穹顶结膜有乳头增生、滤泡形成、形状不规则、大小不同、排列不均匀、血管模糊、疤痕愈合、角膜血管阴影、分泌物非脓性。
6.新生儿淋菌性结膜炎：一般出生后2~3天，有大量脓性分泌物，涂片检查可发现淋球菌。
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