甲状舌管囊肿须与以下疾病相鉴别
1.异位甲状腺，主要位于舌根或舌盲咽部，呈紫蓝色肿瘤突起，质地柔软，周围清晰。患者通常语言不清楚，呈典型的橄榄声音。行同位素131碘扫描，异位甲状腺同位素浓缩，可与甲状舌囊肿区分。
2.甲状腺肿瘤，最常见的甲状腺肿瘤是甲状腺肿瘤和甲状腺癌。质地大多比甲状舌管囊肿硬，部位主要局限于甲状腺体和峡谷。穿刺检查可识别甲状舌管囊肿和甲状腺肿瘤。甲状舌管囊肿的囊内容是透明的、微浊的黄色或粘性液体。
鳃裂囊肿应与以下疾病相鉴别
1.囊状水瘤常见于婴幼儿，肿块大于鳃裂囊肿，穿刺物为透明淡黄色水样液体，可与鳃裂囊肿鉴别。
2.海绵状血管瘤，发生在颈部区域的海绵状血管瘤有时容易与鳃裂囊肿混淆。浅表位置的表面皮肤呈蓝色，深度位置的无色变化，但血管瘤大多具有压缩性，或可触及静脉结石，低头时肿瘤增大。穿刺是血液，这是最重要的识别点。
