磺胺类药物(如复方新诺明)或主要作用于革兰氏阳性菌的药物(如红霉素、青霉素等。)；体质差或并发感染者常联合用药，常用于:作用于革兰氏阳性菌的药物+作用于革兰氏阴性菌的药物(如庆大霉素)+作用于厌氧菌的药物(如灭滴灵)；术前术后感染严重或有并发症的，可根据临床和药敏试验选择有效抗生素。
甲状舌管囊肿和鳃裂囊肿是良性肿瘤，非手术治疗无效。一旦确诊，就应该进行手术治疗，更不用说一些民间不明成分的药物了。少数并发感染者可以在手术前使用抗生素控制感染。
治愈标准：
1.治愈:囊肿完全摘除，伤口愈合。
2.治疗后囊肿仍有残留。
3.未愈:未经手术，外观和功能无改善。
