近年来，立克次体分子生物学(16srRNA序列、DNA-DNA杂交、全DNA或基因片段、质粒等。)的研究进展，旧立克次体的分类并不能完全反映立克次体中所有种类的全貌，而是根据遗传物质对立克次体进行新的分类。16srRNA根据序列分析，立克次体可分为两个亚群，α亚群包括立克次体(Rickettsia)、埃立克体(Ehrlichia)、埃菲比体(Afibia)、考德里体(Cowdria)和巴通体(Bartonella)；γ包括柯克斯体在内的亚群(Coxiella)和沃巴哈体(Wolbachia)。日本立克次体等许多新种已经发现(Rickettsiajaponica)、查菲埃立克体(EhrlichiaChaffeensis)、腺热埃立克次体(EhrlichaSennetsu)、汉赛巴通体(Bartonellahenselae)等等。罗卡利马体(Rochalimaea)巴通体字已经被巴通体取代了，所以战壕热的病原体也应该改名为五天热的巴通体(Bartonellaquintana)。
