一般应与急性化脓性脑膜炎、病毒性脑炎、真菌性脑膜炎炎和脑膜炎性脑囊虫病。脑脊液的不同变化和病原体检查是识别和诊断的主要依据。
脑膜刺激征明显出现前，应与一般非神经系统疾病进行鉴别，包括上呼吸道感染、肺炎、消化不良、蛔虫病、伤寒、手足抽搐等。此时，脑脊液可以通过腰椎穿刺术进行明确诊断。脑膜刺激症状和体征出现后，甚至脑脊液检查后，仍需与一系列中枢神经系统疾病进行鉴别。根据北京儿童医院180例误诊结脑分析，最容易误诊为病毒性脑炎、化脓性脑膜炎和脑肿瘤。
1.化脓性脑膜炎 婴儿结脑病的急性患者往往被误诊为化脓性脑膜炎；相反，化脓性脑膜炎经过不规则的抗生素治疗，脑脊液细胞数量不是很高，很容易被误诊为结脑。大约有2岁以下的儿童15％住院前被误诊为化脓性脑膜炎。最容易混淆的是嗜血流感杆菌脑膜炎，因为它在2岁以下的儿童中更常见，有时脑脊液细胞数量不是很高；其次是脑膜炎双球菌脑膜炎和肺炎双球菌脑膜炎。
除结核接触史外，结素反应和肺部识别X除了线路检查的可助诊断外，脑脊液检查在细胞数高于的情况下很重要1000×106/L(1000/mm3)，当中性多形核粒细胞占多数时，化脓性脑膜炎应考虑在分类中；但更重要的是细菌学检查。第一次脑脊液涂片和培养非常重要。
2.病毒性中枢神经系统感染 主要是病毒性脑炎，病毒性脑膜脑炎和病毒性脊髓炎可与结脑混淆，其中病毒性脑炎比流行性脑炎更需要鉴别。
（1）流行性B型脑炎：夏秋流行，严重疾病急剧危险，早期脑炎症状、发烧、头痛、嗜睡，3~4天后进入极端，高烧、抽搐、昏迷、呼吸循环衰竭，此时结脑识别困难，轻度病例容易与早期结脑混淆，结脑早期脑损伤症状容易误诊为脑炎，但B脑有流行病史，脑脊液蛋白质只有轻微增加，糖和氯化物正常或增加有助于识别。
（2）腮腺炎脑膜脑炎：可在冬季和春季流行，也可分布，特别是当脑炎发生在腮腺炎前或没有腮腺炎容易与结脑混淆，可根据腮腺炎接触史、结核菌素阴性试验、肺无结核病变和急性疾病，脑脊液糖和氯化物含量不降低，蛋白质增加不明显识别。
(3)脊髓灰质炎:夏秋流行，发病急，有典型的双峰热，多为无意识障碍，受累肢体腱反射消失，松弛性瘫痪发生较快，不同于结脑肢体瘫痪发生较晚、强直性瘫痪。
(4)肠道病毒:如柯萨奇病毒、埃可病毒引起的脑炎或脑膜炎多见于夏秋两季，发病较急，脑膜刺激征明显，可出现皮疹和肌肉疼痛，病程较短。
（5）淋巴细胞脉络丛脑膜炎：主要发生在冬季和春季，常见感冒症状，发热和全身症状缓解脑膜炎症状，其特点是急性疾病，病程短，一般7~10天可恢复，预后良好，脑脊液淋巴细胞占绝大多数，可达到95％以上。糖正常，蛋白质略有增加。
诊断各种病毒性脑膜炎的要点如下：
①有特定的流行季节。
②各有其特殊的全身表现，如肠道病毒可伴腹泻、皮疹或心肌炎。
③除了细胞数量、分类和结脑不易识别外，生化变化也有所不同。病毒性脑膜炎脑脊液糖和氯化物正常或略高，蛋白质增加不明显，多低于1g/L(100mg/dl)。
④各种病毒性脑炎或脑膜炎都有其特殊的实验室诊断方法，如血清学检查和病毒分离。
3.新型隐球菌脑膜脑炎 其临床表现、慢性病程和脑脊液变化类似于结脑，但病程较长，可伴有自发缓解。慢性进行性颅压高症状突出，与脑膜炎其他表现不平行。这种疾病在儿童中很少见，因此很容易被误诊为结脑。诊断依赖于脑脊液涂层，圆形和厚荚膜折射的隐球菌孢子可以通过墨水染色和黑色映法看到。新型隐球菌可以在沙保培养基上生长。此外，血液和脑脊液中隐球菌多糖抗原可以通过乳胶凝结或补体结合试验辅助诊断。
4.脑脓肿 脑脓肿儿童多有中耳炎或头部创伤史，有时继发于脓毒症败血症。常伴有先天性心脏病。脑脓肿儿童除脑膜炎和颅压高症状外，常有局灶性脑征。当脑脊液发生变化时，细胞数量可以从正常变为数百，其中大部分是淋巴细胞，糖和氯化物更正常，蛋白质更正常或更高。超声波、脑电图、脑电图、脑电图可用于识别和诊断困难CT脑血管造影等检查。
5.脑肿瘤 脑肿瘤可误诊为结脑。
常见误诊原因：①小儿脑瘤70％左右位于幕下，尤其是第四脑室和小脑。由于小脑幕下颅腔较小，容易出现颅压高现象。然而，在婴儿中，由于颅缝容易开裂，颅压高的症状并不明显。直到晚期颅压明显高，症状才出现。病程似乎很短，不同于一般较大的儿童；②儿童脑瘤多位于中线，常缺乏定位症状；③儿童常见的脑血管膜瘤多有脑膜刺激症状；④婴幼儿常见的髓细胞瘤可通过蛛网膜下腔传播转移，容易发生脑征、脑神经障碍和脑脊液变化，甚至结脑。
(2)脑瘤和结脑鉴别要点:
①较少发热。
②抽搐比较少见，即使有抽搐也多是抽搐后神志清醒，与晚期结脑儿童抽搐后昏迷不同。
③昏迷很少见。
④颅压高症状与脑征不平行。
⑤脑脊液变化很少或轻微。
⑥阴性结核菌素试验，肺正常。
⑦脑瘤应及时诊断CT扫描有助于诊断。
(3)结脑必须与各种传染病后脑炎、脑囊虫病囊虫病和脑血管畸形。
