1.前纵隔转移腺癌 由于胸腺癌与鼻咽、肺、肾、唾液腺、生殖器和直肠的前纵隔转移腺癌非常相似，胸腺癌与胸外相似“拟态”不同超微结构的唯一形式是胸腺清亮细胞癌；与肾脏和女性泌尿生殖器官管道的清亮细胞不同，胸腺清亮细胞癌含有大量的细胞张力丝和结构良好的细胞小体，缺乏和大量的糖原质。然而，只要诊断为胸腺癌，就必须考虑原发性胸腺外癌的详细临床数据。
2.淋巴瘤一般在细胞相似性淋巴瘤区域。EMA阳性而CLA阴性。
3.细胞胚腺癌混合物必须通过组织理学检查来识别，但偶尔使用电镜和免疫细胞化学技术。睾丸肿瘤没有胸腺癌的细胞张力丝和结构良好的细胞桥体；另一方面，睾丸肿瘤有大量的细胞糖原质和复合核仁形式。胚腺癌通常包括超微结构性细胞AFP小球，缺乏真正的张力丝。在免疫组织化学方面，睾丸瘤呈胎盘碱性磷酸酶(PLAP)阳性和EMA阴性，细胞角蛋白阴性。胚胎腺癌是EMA阴性，细胞角蛋白阳性，包括PLAP和AFP。胸腺囊肿的胸腺癌可能与所谓的胸腺囊肿有关“增生性胸腺囊肿”病理难以区分，这种增生性囊肿以鳞状囊肿细胞巢凹入下基质的不规则部分为特征。然而，与鳞状腺癌不同，这种增生是良性的，没有自发性坏死。
