波伊茨-耶格综合征有许多并发症，患者主要是由肠套叠、肠梗阻、消化道急慢性出血等并发症引起的，也可能是手术急腹症。并发症应尽快进行手术治疗。大多数并发症都是单一的病变，但将来可能会复发。该疾病还可累及胃、十二指肠、小肠、结肠等部位，产生多病变，但相对罕见。
对于并发症的治疗，手术治疗的原则是切除病变，缓解并发症，预防和控制恶性变化。对于肠套叠，给予肠套叠复位，如果有肠坏死，做肠段切除。对于较大的息肉，纵向切除息肉蒂旁边的肠壁，切除息肉及周围部分的肠壁，然后横向缝合肠壁切口。息肉密集型肠段可行肠切除术和一致性。术中应进行病理冷冻切片检查。如果发现息肉癌，应进行根治性切除术。术中还应注意尽可能保留肠道，以防止术后短肠综合征。内镜下可以去除结肠镜检查和胃镜检查所能及的病变。
