原发性阿米巴脑膜脑炎死亡率高，需要早期诊断和及时治疗。目前还没有有效的药物。据国外成功报道，静脉滴注和鞘内注射高剂量两性霉素B(amphotericinB)和咪康唑(miconazole)联合使用可能有效，具体方法是在确诊后立即使用两性霉素B1.5mg/(kg·d)，静脉缓慢滴注2次(不少于每次)1h)，3天后改为1mg/(kg·d)，共用6天；必要时可同时注射鞘内，0.5mg/次。因为两性霉素B血清肌酸酐和尿素氮应在治疗过程中进行检测，以防止肾功能损伤。咪康唑剂量为350mg/m2体表面积等于静脉滴注3次，共9天。口服利福平或静脉滴注磺胺异恶唑(sulfisoxazole，SIZ)可增加疗效。一般抗阿米巴药物无效。该病发病迅速，发展迅速，预后极差。
