隐孢子虫病的潜伏期为4～14天分为急性胃肠炎型和慢性腹泻型，具体临床表现如下。
1.急性胃肠炎:免疫功能正常的感染者多为急性胃肠炎。腹泻，每天4～10次，糊状大便或水样，偶尔有少量脓血，会有恶臭。常伴有上腹部不适、疼痛，甚至恶心、呕吐。部分发烧，病程有限，2周内自然缓解。无复发，预后良好。
2.慢性腹泻:主要用于免疫功能缺陷患者，尤其是艾滋病患者。病情缓慢，腹泻延迟，水样大，量大，每天1～10升以上，每天10次左右。偶有血便，多伴腹痛，易脱水、酸中毒、低钾血症、维生素缺乏等。病程可持续3次～可反复发作4个月甚至1年以上。
根据流行病学数据、临床表现和实验室检查进行诊断。应识别任何引起急慢性腹泻的疾病，特别是细菌感染性胃肠炎。
