(一)治疗
1.支持治疗 根据肠道传染病隔离。症状严重者应住院治疗，轻度疾病可口服补液。患者因严重腹泻而与电解质失衡，必须注意纠正。免疫功能低下者应加强支持治疗。发作期间避免食用脂肪和乳糖较多的食物，有助于缓解症状。营养不良和低蛋白血症患者也应对症治疗。
2、病原体治疗 目前还没有确切的抗隐孢子虫药物，认为有一定疗效的药物有螺旋霉素、克林霉素、阿奇霉素、大蒜素等。有些人使用螺旋霉素来治疗重症患者，可以缓解疾病，减少腹泻，但不能避免复发。成人剂量2—4g/d儿童每日50—100mg/kg，7—10d一疗程。大蒜素儿童20mg成年人一天三次/次40mg/次，每日4次，疗程7—10d。
3.免疫治疗是治疗成功的关键，在免疫功能受损的隐孢子虫患者中，尽可能重建其免疫功能。有人用高效免疫牛的初乳治疗艾滋病并发隐孢子虫的患者，症状缓解，但疗效尚未确定。预后 隐孢子病的预后与患者的免疫功能状态密切相关。免疫功能正常的患者，病程有自限性，预后好。免疫功能有缺陷的患者，病情严重，病程延迟，难以彻底清除虫体。在艾滋病患者中，隐孢子虫病往往难以控制，最终会导致死亡。
(二)预后
本病一般预后良好。
