根据临床症状，儿童磷酸酶过少症可分为新生儿型、儿童型和青少年型。然而，上述类型并没有完全分界，这往往是疾病修复和改善过程的延续表现。新生儿出生后颅骨软化、肢体短粗、弯曲畸形、骨折，常伴有肢体表面皮肤的环形深凹痕迹。有些病例可见蓝色巩膜、惊厥、青紫等症状。严重者出生时死产。婴儿型通常出生1～6月病，表现为体重不增加、生长缓慢、头围生长缓慢、颅骨软化、颅缝增宽、囟门突出、头皮静脉愤怒、胸部畸形、四肢弯曲。当高钙血症和肾功能受损时，会出现厌食、呕吐、便秘、发烧、多喝、多尿、肌肉张力低下、抽搐、蛋白尿或脓尿。有些孩子可以看到皮肤色素沉着。当病变自然改善，持续到2岁时，可以看到儿童症状，如行走晚、步态不稳定、肢体疼痛、弯曲畸形、牙齿发育不良等。
