儿童脑脓肿主要由细菌感染引起，大多数微生物（如细菌、真菌或寄生虫）可引起中枢神经系统局灶性化脓性感染。最常见的脑脓肿细菌是链球菌、葡萄球菌、肠道细菌和厌氧菌，其中大多数是混合性感染。链球菌和革兰阴性细菌，如柠檬酸杆菌、沙门菌、沙雷菌、变形杆菌、肠道菌和脆弱杆菌，是新生儿脑脓肿的常见细菌。B当组溶血性链球菌和柠檬酸杆菌脑膜炎时，伴有脑脓肿的可能性非常高。因此，治疗不顺利的病例必须定期进行CT、MRI或B除脑脓肿外，超检。铜绿假单胞菌感染的发病率在慢性中耳炎或粒细胞缺乏症患者中增加。
先天性或获得性中性粒细胞缺陷中性粒细胞缺陷HIV脑脓肿的发病率显著增加，其中大部分是由真菌引起的。常见的真菌是念珠菌和曲霉菌。隐球菌通常会引起脑膜炎，但也会引起脑脓肿。芽生菌、组织脑浆菌和球孢子菌偶尔也会引起脑脓肿。其他可引起脑脓肿的致病微生物包括溶组织阿米巴、棘阿米巴、血吸虫、并殖吸虫和弓形体。粪圆线虫、旋毛虫、豚囊虫等各种蠕虫也偶尔可移至中枢神经系统引起脑脓肿。
脑脓肿病原体的不同部位和类型不同。额叶脑脓肿的常见病原体是微需氧葡萄球菌、厌氧菌和肠杆菌。头部创伤引起的脑脓肿的常见病原体是金黄色葡萄球菌和链球菌。中耳乳突炎并发颞叶脑脓肿，隐源性脑小脓肿(直径为1～1.5cm以下，常见于顶叶），常见病原体包括厌氧菌、需氧链球菌和肠杆菌。先天性紫色心脏病、心内膜炎、化脓性血栓性静脉炎、败血症、骨髓炎等血液扩散引起的脑脓肿大多沿大脑中动脉分布，致病菌包括微需氧链球菌、厌氧菌、金黄色葡萄球菌等。
