新生儿流行性腹泻的主要原因如下：
1、细菌
大肠埃希杆菌在致病细菌中更为常见。新生儿流行性腹泻发生在致病性大肠埃希杆菌、产毒性大肠埃希杆菌和出血性大肠埃希杆菌中。鼠伤寒沙门菌也是流行性腹泻的重要病原体。鼠伤寒菌分布广泛，可引起人类和一些动物的疾病。其他细菌，如空肠弯曲菌、耶尔森菌、产气单胞菌、铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌、志贺菌、产气杆菌、嗜盐菌等，也可引起新生儿腹泻。
2、病毒
轮状病毒是引起新生儿流行性腹泻的最常见病原体之一，主要通过粪便口传播。健康的成年人可以作为毒药，感染的新生儿也是重要的感染原体。轮状病毒在环境中相对稳定，不易自然灭活，可通过护理人员传播。
3、真菌
长期使用抗生素可继发真菌感染，常见于白色念珠菌。
4、寄生虫
滴虫、梨形鞭毛虫、隐形孢子虫等也会引起新生儿流行性腹泻。
