新生儿流行性腹泻的预防主要是对患者进行消毒、隔离和治疗，以切断感染源。一旦发现新生儿腹泻，应立即隔离儿童及其父母，并积极治疗患者。如果发现流行是不可避免的，直接或间接接触的婴儿应立即集中在病房，每天进行大便培养，并密切观察腹泻的发生。再次集中隔离大便阳性的人。
一些作者认为，无论是否有腹泻，所有大便培养阳性的人都应该接受5天的抗生素预防治疗。然而，也有人反对药物预防，因为药物预防后的细菌率较高，症状可能会延迟，有时症状可能会反复发作，延长流行时间。
腹泻流行的婴儿室应进行检疫，不接受新婴儿或新患者，将恢复的婴儿聚集在一起，粪便培养阴性3次后出院，未腹泻的新生儿也聚集在另一个房间，经过潜伏期(1～6天)出院前大便培养阴性3次。任何病人出院后，原床上的被褥、被单、枕头、病床等物品都要消毒。
婴儿室和病房应每天消毒，地板湿拖，家具湿擦，防止灰尘飞扬，定期培养空气、地板、墙壁和家具擦拭。
工作人员应特别注意洗手。每次接触一个孩子后，他们都应该洗手，然后才能接触另一个婴儿。他们应该定期进行手部擦拭、鼻部擦拭和粪便培养。阳性患者暂时离开病房或婴儿房。喂食前戴消毒手套，然后安装乳头。尿布和被粪便污染的床单应集中在一起，消毒后送出病房。
