根据临床上是否有感染症状，很容易识别感染和非感染性腹泻。前者腹泻症状严重，后者只是症状性腹泻，表现为原发性传染病，易于识别。新生儿流行性腹泻可根据流行病史和实验室检查进行诊断。
1.肠内感染性腹泻
（1）流行病学史：根据病史特点，婴儿室有腹泻流行，提示大肠杆菌、鼠伤寒沙门菌、变形杆菌或病毒性肠炎的可能性。母亲有发烧、早期破水、产程长或窒息的历史，应考虑感染性腹泻的可能性。
(2)临床表现:根据症状和体征的特点进行鉴别分析，早期腹泻出现体温异常、发热或体温过低、面色不好、呕吐、大便中含有粘液或脓血、红、白(脓)血球镜检，提示感染性腹泻，进一步检查、培养或病毒分离，可鉴别肠炎性质(病原体)。
2.肠外感染 有中毒症状，有原发性感染性疾病，便镜检查中有少量白细胞。
3.非感染性腹泻 如糖消化吸收不良、脂肪消化吸收等，无感染表现。
