唐氏综合征引起的并发症主要有以下几个方面：
先天性心脏病
先天性心脏病是先天性畸形中最常见的一种。轻者无症状，体检发现重者活动后呼吸困难、发绀、晕厥等，老年儿童生长发育迟缓。患这种疾病的几率高达40％，特别是心内膜不全的比例较高，如果不进行早期治疗，通常会有致命的危险。
二、消化器官畸形
如先天性食管闭锁（先天性食管闭锁胎儿不能吞下宫内羊水，所以往往羊水过多，约半数先天性食管闭锁儿童伴有其他先天性畸形），十二指肠狭窄（临床呕吐为主要症状，出生后4天~1个月，每天只呕吐1~2次，或几个月不呕吐。呕吐物大多含有胆汁，很少含有血液。大便的数量和性质可以正常，当呕吐严重时，可能会出现中度或严重的便秘。上腹胀的严重程度不同，严重的可见胃蠕动波，有水声）、肛锁（直肠下端与外界无关）等。
3、白内障
白内障表现为视力模糊、怕光、看物体颜色暗或黄色，甚至复视(双影)、看物体变形等症状。2％。
4、急性白血病
急性白血病的发病率是一般的10倍~30倍1％。
5、其他方面
此外，由于免疫功能低下，唐氏综合征患者容易患各种感染(浸出性中耳炎容易在内耳积聚液体引起耳炎，影响听觉)，还可见伴发眼异常(角膜、水晶异常引起近视、远视、散光等)。)、眼震、气管食管瘘、脐疝、十二指肠闭锁、甲状腺疾病等。，偶见癫痫发作暂时性骨髓异常增生。环轴间接不稳定，发病率高2％-3％。男性常为隐睾。
