胚胎学食管和呼吸道都起源于胚胎原肠的前肠。原食管位于呼吸器官的后部。原肠分为三部分：前肠、中肠和后肠。早期，原肠的头侧和尾侧被锁定。胚胎发生的第三个周末，原肠头侧的咽膜破裂，使前肠与口腔相连。随着心脏向下移动，食管的长度迅速增加。胚胎发生第21~26日，前肠两侧出现喉气管沟，然后上皮生长形成食管气管隔离，将食管与气管隔离。如果食管与气管未完全分离，则两个管腔相连形成食管气管瘘。食管气管向后偏离或前肠上皮向食管腔过度生长形成食管闭锁。此外，在食管发育的早期阶段，一些前肠细胞与食管分离并继续生长，可形成食管反复畸形，主要表现为靠近食管壁的囊肿，一些囊肿与食管腔沟通。
