流感嗜血杆菌肺炎是由免疫力低下的人肺部感染引起的。流感嗜血杆菌作为革兰阴性小杆菌，约为1.5mm×0.3mm大小、杆状、丝状等多形性。短球杆菌主要出现在急性感染标本中。这组细菌不形成孢子，没有鞭毛，不能移动。有些菌株有多糖荚膜。这种细菌是需氧菌，营养要求高X和V两种生长因子。X因子是血红蛋白中存在的一种血红素，是含铁的啉，耐高温，是细菌合成过氧化物酶、过氧化氢酶和细胞色素氧化酶的辅助基础，是细菌氧化还原反应传递电子的重要物质。V因子是一种维生素B血液中含有的类物质、类物质V因子通常处于被抑制状态，经80～90℃加热10min后可使V因子释放。因此，流感杆菌在巧克力培养基上生长良好。24h后来，菌落可以有三种形式：M型(粘液型)，R和S类型(光滑型)。有荚膜的菌株菌落呈M类型，粘稠有光泽，对人体毒性强。当流感嗜血杆菌和金黄色葡萄球菌在血琼脂培养基上共同孵化时，由于葡萄球菌可以合成，卫星现象可见V因子，使其菌落周围的流感嗜血杆菌菌落较大，远离者较小。此外，尼古丁还能促进流感嗜血杆菌的生长。
流感嗜血杆菌的致病性与各种有毒因素有关。除内毒素外，流感嗜血杆菌还能产生组胺，收缩支气管平滑肌，分泌粘液，增加上皮细胞的渗透性，破坏纤毛运动。致病性流感嗜血杆菌IgA蛋白酶，能水解呼吸道粘膜分泌型IgA并发挥致病作用。
通常，寄生的流感嗜血杆菌不会致病。细菌从口咽吸入气管或支气管后，通过纤毛运动排出体外。同时，呼吸道粘膜分泌物中的分泌物IgA它可以保护身体免受感染。但当身体抵抗力降低，免疫功能不完善时，就会引起感染，导致流感嗜血杆菌肺炎，甚至败血症和化脓性脑膜炎，危及生命。这种疾病很容易发生在6个月内～5年龄较大的婴儿，这与身体的免疫防御状态有关。大多数母乳培养的婴儿可以从母亲那里获得抗流感嗜血杆菌荚膜多糖抗体，并获得被动免疫力，但随着婴儿年龄的增长而逐渐减弱甚至消失。由于免疫系统健全，老年人和成年人在感染后获得了保护性抗体。因此，6个月以下的婴儿、老年人和成人流感嗜血杆菌肺炎很少见。但近年来，文献报道，上述年龄组的发病率有所上升，这可能与检测技术的改进、耐药菌株的增加和细菌毒性的变化有关。成人流感嗜血杆菌肺炎的发生也与糖尿病、肾病综合征、丙球蛋白缺乏、酒精中毒或抗肿瘤化疗药物、免疫抑制药物的缺乏有关。慢性阻塞性肺病、肺囊纤维化和长期吸烟患者，由于局部防御机制受损，流感嗜血杆菌容易侵犯下呼吸道肺炎。
