卡他莫拉菌可引起急性中耳炎、上颌窦炎、下呼吸道感染、脑膜炎、心内膜炎、尿道炎、婴儿及儿童眼结膜炎、角膜炎、败血症等多种人类感染。MC男性和女性生殖泌尿道感染，如前庭大腺脓肿、男性尿道炎等β中耳炎：3岁较多，临床治疗困难，中耳炎：3岁前儿童80％患有至少一次中耳炎，反复患有中耳炎的儿童往往伴有语言发育延迟。鼓膜穿刺术用于多中心研究中耳炎的致病因素。在过去的20年里，美国和欧洲有15个研究中心培养和识别穿刺中的中耳液，得出了完全一致的结论：中耳炎的主要致病菌是肺炎链球菌、未分型流感嗜血杆菌和MC，其中15％～20％为MC，近来采用较细菌培养更敏感的PCR鉴别穿刺液的方法可能会更高MC阳性率，COPD由于下呼吸道感染：MC直到近15年，与其他奈瑟菌在革兰染色和菌落形态上难以区分，其引起的COPD以下证据表明，下呼吸道感染始终受到重视。MC感染加速了COPD过程:加速病情进展COPD痰培养革兰染色优势菌MC，有时甚至为MC纯培养；COPD一些病情加速的患者可以通过气管穿刺吸痰来培养MC；被认为是MC感染使COPD使用有效抗菌药物后病情恶化患者改善；痰中有MC的COPD恶化者可以检测到正确的MC特异性免疫反应。
目前估计MC感染是由流感嗜血杆菌感染COPD病情恶化的第二个原因，30％由MC引起，COPD患者在MC感染后的临床表现与其他细菌感染没有区别，如咳嗽、咳痰增多、呼吸困难加重等。大量革兰阴性双球菌可在痰标本革兰染色细胞内外发现。
