这种疾病是可以预防的。首先，应对棘阿米巴角膜炎的危险因素采取相应的预防措施，如严格保持透镜盒、维护液和透镜的清洁无菌；睡觉和游泳时避免戴隐形眼镜；其次，免疫法还可以预防棘阿米巴角膜炎。最近的研究发现，口服棘阿米巴抗原免疫可以在粘膜和眼泪中找到特殊的棘阿米巴抗体IgA。它通过影响原虫对角膜上皮细胞的粘附来防止感染；甘露糖与蛋白质的结合可以与宿主细胞的粘附，在角膜病变中起着关键作用，Garate等研究发现，用此蛋白免疫高危人群，泪液中出现的抗甘露糖结合蛋白抗体也可防止棘阿米巴角膜炎发生。棘阿米巴角膜炎是严重的致盲性眼病，随着我国角膜接触镜配戴人数的增多，本病的报道呈快速上升趋势，因此应积极的对其进行相应的基础研究，尤其在诊断和治疗方面是至关重要的。
