甲状腺舌管囊肿和瘘管是由于甲状腺舌管退化不完全引起的先天性发育异常。如果导管内上皮细胞在发育过程中没有退化和消失，甲状腺舌管囊肿可以在盲孔到胸骨颈切痕间中线的任何部位形成，囊肿在感染破裂或手术切除后形成瘘管。
发病机制：胚胎第三周，在原口腔咽部底部第一、第二对咽部凹陷的中部形成室状甲状腺胎基。这个开始基在喉咙的前面沿着中线向下移动到颈部，形成一个细长的导管，称为甲状腺舌管。舌骨从两侧向中心发育，包围导管或在前后，下端形成甲状腺。到第五周，甲状腺舌管退化成实质性纤维索，残留在口腔端的舌根盲孔。如果导管内的上皮细胞在发育过程中没有退化和消失，甲状腺舌囊肿可以在盲孔到胸骨和颈部切痕之间中线的任何部位形成。
