有关先天性后鼻孔闭锁的致畸学说较多，现介绍几种如下：
颊鼻膜胚胎残留学理论
胚胎第6～7周时，原鼻腔与原口腔之间的间隔—颊鼻膜应自行吸收破裂，形成原始后鼻孔，使膜中间质组织较厚，不能吸收和穿透，形成闭锁间隔。间质组织中有来自鼻中隔和腭突的细胞成分。闭锁隔断的性质因数量而异：外加量小，闭锁隔断可为膜性；如果较大，则可形成混合性，甚至较厚的骨性。这是目前公认的先天性后鼻孔闭锁形成理论。
颊咽膜上端未溶解
在胚胎第四周，颊咽膜溶解破裂，原口与前肠相连。由于颊咽膜上端高于腭平面，如果不溶解吸收，可发展为先天性后鼻孔闭锁。
骨性后鼻孔异常发育理论
蝶骨及其翼突内侧板、犁骨后缘、犁骨翼、腭骨水平部共同围成后鼻孔。如果上述骨过度增生，可以形成软骨和骨的混合锁，软骨部分可能来自腭骨。
上皮栓块演化理论
胚胎期后鼻孔出现后，一侧或两侧被上皮栓块堵塞，后者逐渐演变为膜性或骨性闭锁。
鼻突和腭突异常发育理论
认为该病是由于周围颊鼻膜周围的异常发育引起的。
