一、继发感染
约10％～30％；肝包虫囊肿会继发细菌感染。致病菌主要来自胆管系统。囊肿压迫周围肝组织在逐渐增大过程中形成纤维包膜。肝脏中的小胆管经常被压迫并包裹在纤维包膜中。这些小胆管可以破裂到囊腔中。一般认为约80％；肝包虫囊肿与肝内胆管有明显或隐性交通瘘，致病菌随胆汁通过瘘管侵入囊肿而感染。肝包虫囊肿继发感染后的典型三联征包括寒战、高烧、肝区持续疼痛和短期内囊肿的快速增加。囊肿的快速增加使周围器官的压迫症状更加明显，如外力挤压、局部振动或穿刺不当，容易破裂。实验室检查显示白细胞升高，可伴有贫血；B囊壁增厚，囊内回声不均匀，可见不规则强回声团块；CT扫描时囊液CT密度值升高，囊内可出现气体，并伴有囊周组织水肿。临床上要注意肝脓肿的鉴别。
二、囊肿破裂
肝包虫囊肿因各种原因破裂的机会，国内文献报道为12.9％；。囊肿可以自发破裂，特别是在继发感染后，由于炎症刺激，囊液急剧增加，囊内压力增加，破裂的机会更大。一些创伤因素（如穿刺、挤压等）会导致囊肿破裂。囊肿可破裂到不同的部位，并引起相应的临床症状。
1.破入胆道：这是最常见的并发症，约5％～10％；，可破入肝外胆管和胆囊，但大部分破入肝内胆管。破胆管的主要因素是囊肿压迫胆管壁，导致后者局部坏死。胆绞痛、黄疸、荨麻疹等主要症状应与胆石症相鉴别。囊内容物阻塞胆管，尤其是囊肿感染者，可引起急性梗阻性化脓性胆管炎。
2.破入腹腔:位于肝表面的包虫囊肿易破入腹腔。破裂后囊内容物(包括囊液、子囊和原头蚴)进入腹腔，引起突发性腹痛和过敏性休克，而腹部肿块可骤然缩小或消失。囊液进入腹腔可引起不同程度的腹膜刺激症状，如囊肿原与胆管相通，胆汁流入腹腔可引起严重的胆汁性腹膜炎。已感染的囊肿破入腹腔则引起弥漫性腹膜炎。腹腔内炎症很明显时可使原头蚴死亡，留下肉芽肿，但更为多见的是原头蚴存活下来，若干年后发育成多个囊肿，称为腹腔继发性棘球蚴病。肝包虫囊肿破入腹腔引起的急腹症应注意与其他原因引起的急腹症相鉴别。
三、破胸：包虫囊肿位于肝膈膜顶部，特别是继发感染后，可穿透膈膜破胸，引起急性胸积液和过敏反应，常见于右胸。囊肿破胸常伴有阵发性剧烈咳嗽和刀切胸痛。囊肿是由炎症引起的-膈肌-肺粘连，囊肿可直接破入支气管，形成囊肿-如果囊肿与胆管相连，则形成胆管瘘-支气管瘘。初期有咳血性泡沫痰，后期咳出带胆汁的痰、囊液、子囊、内囊碎片等内容物，少数患者可窒息。
4.穿透腹壁:肝包虫囊肿继发感染后，可与腹壁粘连，穿透腹壁自溃，将囊液和囊内容物流出体外，形成持久的腹壁窦道。
5.破入心包腔:包虫囊肿位于肝左叶，可穿透横膈膜破裂心包腔，导致急性心包填塞。
6.破入肝静脉:少数肝包虫囊肿可破入肝静脉，进入肝静脉的囊内容物可引起肺动脉栓塞。
