功能性消化不良的治疗主要是对症治疗，应遵循综合治疗和个体化治疗的原则。患者应建立良好的生活习惯，避免吸烟、酒精和服用非甾体抗炎药，避免个人生活经历中诱发症状的食物；根据患者的不同特点进行心理治疗，消除患者对疾病的恐惧和疑虑；失眠和焦虑患者可在睡觉前口服适当的镇静催眠药。目前，功能性消化不良还没有特效药，主要是经验性对症治疗，如下：
1.抑制胃酸分泌药:以上腹痛为主要症状，可选择碱性制酸剂或酸分泌抑制剂，如西米替丁H2受体拮抗剂或奥美拉唑等质子泵抑制剂。
2.胃肠动力药:适用于腹胀、早饱、打嗝等主要症状。多潘立酮是周围多巴胺受体阻滞剂，常用剂量为10mg，3次/d，饭前15min西沙必利为5-用量为羟色胺受体激动剂5mg～10mg，3次/d，餐前15min～30min服用，疗程2~8周。但西沙必利可引起腹鸣、腹泻、腹痛和心肌QT间期延长等副作用较少，心脏病患者应谨慎使用；甲氧氯普胺（胃复安）是一种中枢性和周围性多巴胺受体阻滞剂。由于锥体外系长期副作用大，使用较少或不使用。近年来，莫沙必利、依赖比利等新的胃肠道促进剂也可以选择，莫沙必利的常用剂量是每次5mg，3次/d，于餐前1/2h服用。抑制胃酸分泌的药物和促胃肠动力的药物可以轮换使用或合用。
3、抗抑郁药：上述治疗效果差，伴有明显焦虑、紧张、抑郁等症状，可尝试抗抑郁药，但效果较慢。常用的药物有二环抗抑郁药，如阿米替林25mg，2～3次/d；具有抗5-氟西汀等羟色胺抗抑郁药20mg，1次/d等等，要从小剂量开始，注意药物的副作用。
4.其他:氢氧化铝凝胶、铋、硫糖铝、麦滋林等粘膜保护剂-S等。
