非结核分枝杆菌可引起肺外病变，临床表现不同。非结核分枝杆菌肺病的临床表现与肺结核相似。大多数患者病情缓慢，包括咳嗽、咳痰、痰血、低热、消瘦和疲劳。他们也可以没有明显的症状或只有轻微的咳嗽和咳痰，但由肺部引起X线路检查发现病变，也可有高烧、寒冷、咳嗽、胸痛，类似肺急性感染，部分人因慢性阻塞性肺病、支气管扩张、囊纤维化、肺结核、肺尘沉着，或合并全身疾病，如糖尿病，或长期使用糖皮质激素药物，使临床表现混淆，难以区分，HIV感染及AIDS非结核分枝杆菌肺病或播散性非结核分枝杆菌病的临床表现更为不典型。
非结核分枝杆菌肺外病变包括淋巴结炎、皮肤软组织感染、骨关节病变、生殖系统、消化系统和神经系统病变以及全身传播病变。
