运动神经元疾病根据发病缓慢，逐渐加重，具有基本对称的上下或上下运动神经元混合损伤症状，无客观感觉障碍等临床特征，排除相关疾病，一般诊断不难，但也应识别以下疾病：
1.脊髓肌萎缩
它是一种神经系统常染色体隐性遗传致病基因已被克隆，命名为运动神经元维持(survival motor neuron，SMN)基因。病变选择性累及运动神经元，主要是脊髓前角细胞，容易误诊进行性脊肌萎缩。SMA肌无力和肌萎缩从四肢近端开始。根据起病年龄又可分为婴儿型、慢性儿童型、青少年型和成年型，除婴儿型进展较快外，青少年型和成年型进展缓慢，可存活20年以上。
2.脊髓型颈椎病
脊髓压迫性损伤是由颈椎骨质增生和椎间盘退行性病变引起的。发病年龄及MND类似地，病程也是慢性进行性的，症状和体征相似，有时很难识别两者。但颈椎病肌萎缩仅限于上肢，常伴有感觉减退，可有括约肌功能障碍，肌束震颤罕见，一般无脑干症状。仔细分析症状和体征，MRI脊髓受累的压迫程度、电生理表现和相互关系识别并不难。ALS胸锁乳突肌电图阳性率94ÿ而颈椎病几乎为零。
3.多灶性运动神经病
本病的症状体征主要是不对称单侧上肢下运动神经元损伤的症状和体征。电生理特征表现为多灶性运动传导阻滞和更多特征MMN有效治疗环磷酰胺或静脉大剂量免疫球蛋白。％～84％的MMN病人可发现抗性GM神经节苷脂抗体。MMN鉴别诊断与进行性脊肌萎缩的发病机制和预后不同，非常重要(inching技术)是最重要的鉴别方法。
脊髓空洞症
可有双手小肌萎缩、肌束震颤、锥体束征和延髓麻痹，但临床进展非常缓慢。常合并其他畸形，有节段性分离性疼痛和温度感缺失，MRI形成可见的空洞。
5.良性肌束震颤
正常人有时会看到广泛粗大的肌束震颤、无肌无力和肌萎缩，肌电图正常。
6.单肢肌萎缩
叫平山(Hirayama)疾病，患者多为男性，20岁左右，表现为单侧或双侧上肢上臂和手肌萎缩，是神经源性，无锥体束征。肌萎缩进展缓慢，呈良性过程，1～两年后自发停止。MRI表明脊髓受压，建议颈托及适当注意颈部活动有望改善症状。
