肺炎衣原体感染患者的症状因感染部位而异，具体如下：
1、急性呼吸系统感染
急性呼吸道感染是其主要表现，如咽炎、喉炎、鼻窦炎中耳炎、支气管炎和肺炎，其次是肺炎和支气管炎。肺炎在老年人中很常见，20岁以下的青少年主要是支气管炎和上呼吸道感染。通常是发烧、全身不适、喉咙痛和声音嘶哑，几天后咳嗽，此时体温正常。也可引起支气管炎、支气管哮喘，原支气管哮喘患者感染肺炎衣原体，可加重病情。病情严重的，可因加重原基础疾病或细菌感染等并发症而死亡。
2.伤寒型
少数患者表现为高烧、头痛、相对缓脉、肝脾大，易并发心肌炎、心内膜炎、脑膜炎。重症患者出现昏迷和急性肾衰竭，表现类似于重度伤寒
3、其他
本病可引起虹膜炎、肝炎、心内膜炎、脑膜炎和结节性红斑。它是继发性感染的重要原因，如艾滋病、恶性肿瘤或白血病。近年来发现肺炎衣原体感染COPD常见。并发现COPD肺炎衣原体特异性抗体阳性率明显高于健康人群。尤其是>50岁COPD患者4％上述急性发作与肺炎衣原体感染有关。
