禽流感患者大多预后良好，无后遗症。部分病例发展迅速，包括重症肺炎、急性呼吸窘迫综合征、肺出血、胸腔积液、全血细胞减少、多器官衰竭、败血症、休克和Reye多种并发症，如综合征，可导致死亡。常见并发症包括：
原发性病毒性肺炎：多见于原发性心肺疾病患者。肺部病变主要是浆液性出血性支气管炎，常因心力衰竭或周围循环衰竭而死亡。
继发性细菌性肺炎： 最常见的病原体是肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌或流感嗜血杆菌，患者病情逐渐恶化，或临床症状进一步恶化、咳嗽、咳嗽、痰、肺实变体征，X 发现肺部有片状和斑片状阴影。
心肌炎：流感病毒性肺炎可并发心肌炎。
