短腰畸形的病因不明，有些可能与创伤有关。这种畸形主要有以下三种病理解剖类型。
1、先天性脊柱崩裂、滑脱：这种现象更为常见，主要是因为椎弓的两个骨中心没有整合。在身体发育过程中，随着个体体重的增加、运动和过去强度的增强以及各种创伤因素，椎体滑脱可以在假关节的基础上引起，滑脱程度越严重，短腰畸形越明显。
2.先天性椎体融合:很多人把两个椎体融合成一个，很少有三个以上的椎体在腰椎段融合成一个。因为直接来这种病例的人很少，所以体检时经常会发现。发病原因主要是胚胎期相邻两个或几个生骨节发育障碍引起的。完全融合的人在相应的椎间隙中可以看不到任何裂缝，但半数病例表现出不同的宽度、长度和位置。这种情况下，椎间孔多为狭窄。
三、半椎体畸形：单发半椎体畸形主要导致脊柱侧凸或后凸畸形。如果是相应的双节半椎体畸形，短腰征会因缺少一节椎体而出现。
