1.病原学检测
(1)涂片检测衣原体包涵体:近年来有报告Papanicolaon染色法检测沙眼衣原体包涵体，敏感性83％，方法简单，是筛选高危人群最常用的方法。
(2)细胞培养法:认为是检测沙眼衣原体的金标准，但费时，需要一定的设备技术条件，难以作为常规临床检测手段。
2.分子生物学方法
原杂交法检测宫颈或直肠活检标准中沙眼衣原体DNA。亦可用PCR法检测，可明显提高检测敏感性，且可用于鉴定其种及血清型，可用于诊断、疗效判断及流行病学调研，此方法检出率高于其他方法。亦有报告用热启动聚合酶链反应，可明显降低非特异性扩增，减少假阳性反应。
PCR该方法可用于本病的诊断，也可用于治疗后疗效的评要注意的是，在停药后随访疗效时，发现有些直接免疫荧光法的抗原是阴性的，但PCR法律仍为阳性，可能是残留部分病原体DNA在体内，并不意味着病原体存在。
