先天性马蹄内翻畸形的真正原因尚不清楚。大多数学者认为，这种畸形是由胚胎早期内外因素引起的异常发育引起的，这通常与子宫内胎儿足部位置不当有关。可能的发病因素如下：
1、遗传因素
这种常有家族史，与遗传有关，如Wynne-Pavis等待报告，患者中有家族史比例2.9％。此外，单卵双胞胎的发病率远高于双卵双胞胎，比例为33∶3，虽然遗传是一个重要因素，但显性、隐性或伴性基因遗传的规律尚不确定。
2、胚胎因素
胚胎在3个月内，足在马蹄内翻三种原始畸形状态，即下垂、内收和旋转，从第四个月开始，足部处于中和旋转位置，跖骨轻度内收，足部也开始沿长轴旋转，接近正常足部位置，任何发育障碍都将保持足部在胚胎早期畸形位置。
3、宫内因素
胎儿在子宫内姿势不好，脚压力大，长部长期收缩，跟随内翻，脚踝下垂，相应地，小腿后侧和内侧肌肉缩短，内关节囊增厚，使足部进一步处于畸形位置。
4、环境因素
许多学者发现，这种疾病与环境因素有关，如Duraswami将胰岛素注射到发育中的鸡胚中，导致马蹄内翻足畸形，有人证明，在肢体发育的关键时刻，缺氧可能导致马蹄内翻足，Stewart发现，在许多来自日本的患者中，由于有蹬坐于内翻足上的习惯，发病率特别高。
