虽然结肠憩室的病因尚不清楚，但通常认为结肠运动功能障碍引起的肠腔高压状态和肠壁结构缺陷与憩室的发生有关。根据结肠通过节段收缩运动向远端推进肠内容的特点，收缩往往会产生相当大的肠内压力，高压的发生与过度运动或不协调睡室远端肠蠕动有关。
临时肠梗阻、便秘、肠痉挛、药物(服用阿片时肠内压可达12kPa)所有这些都会增加肠道压力，粘膜可以通过肠壁上的弱点疝出来。在结肠中，结肠带之间的肠壁通过环肌保持张力，因此血管进入肠壁构成环肌缺损，成为所谓的薄弱环节。因此，憩室的突出位置往往在结肠膜边缘和膜对侧结肠带之间，这也是老年人、肥胖、常年食精面粉等少渣食物引起慢性便秘和结肠病患者的原因。
