细菌性肝脓肿是一种继发性疾病继发性疾病。即使在肝脏感染的早期，如果能及时给予大量的抗生素治疗，加强全身支持治疗，也能预防肝脓肿的形成。
细菌性肝脓肿患者的预后与年龄、体质、原发病、脓肿数量、治疗早晚、治疗彻底性和并发症密切相关。年轻和老年患者的预后比年轻和中年患者差，死亡率也很高。多发性肝脓肿的死亡率明显高于单发性肝脓肿。140例多发性肝脓肿中死亡106例(75.7％)，单发性肝脓肿117例死亡仅28例(23.9％)。细菌的类型和毒性也与肝脓肿的预后密切相关。由大肠埃希杆菌、葡萄球菌、链球菌、铜绿假单胞菌等细菌引起的肝脓肿死亡率较高，对各种药物不敏感的细菌感染的预后也较差。低蛋白血症、高胆红素血症等全身条件差、营养不良、肝功能损害明显的患者死亡率较高。并发性肝脓肿，如膈下脓肿、腹腔脓肿，导致弥漫性腹膜炎、胆道出血，或脓胸或肺脓肿，死亡率增加。相反，单发性脓肿症状轻微无并发症，预后良好。因此，细菌性肝脓肿治疗的要求是早期诊断、早期治疗、及时使用有效的抗生素、有效的脓液排出、彻底处理原发病变、加强全身支持治疗，可以大大降低死亡率。
