尿道上裂的手术治疗目的是：重建尿道；控制尿失禁的治疗；纠正外生殖器畸形。任何类型的男性尿道上裂都需要手术，主要是纠正阴茎畸形，重建性功能和更令人满意的阴茎，修复尿道畸形，重建尿道，治疗尿失禁，控制排尿，保护肾功能。女性尿道上裂通常不需要手术治疗，因为没有尿失禁。手术的目的是延长尿道，重建膀胱颈部，以达到控制排尿的目的，纠正女性外生殖器畸形。
建议男性患者在3岁以后进行手术，4~5岁，以便膀胱发育良好，容量和肌肉适当，男孩青春期的发育有利于尿液控制。女性患者可在18个月至2岁期间进行手术，外生殖器尿道膀胱颈重建可在一期或分期手术中完成，先形成外生殖器尿道，4~5岁，不仅膀胱容量可达到50ml以上，儿童也可接受排尿训练。
