桥本甲状腺炎是一种自身免疫性甲状腺炎。目前还没有可靠的治疗方法来消除这种疾病，只能对甲状腺大小和甲状腺功能异常进行对症治疗。
如果甲状腺功能正常，甲状腺小，没有明显的压迫症状，可以随访观察。如果肿胀的甲状腺压迫相邻器官或影响外观，甲状腺激素可以减少甲状腺，大多数病例最终会转化为甲状腺功能减退，早期用药比最后好。
桥本病甲状腺功能减退症取代甲状腺激素，小量开始，逐渐增加，直到腺体减少，敏感TSH降至正常。如果桥本病出现甲状腺功能亢进，可以一次性使用。β受体阻滞剂，即使使用抗甲状腺药物，也应选择小剂量、短期使用；桥本甲状腺机能亢进应根据毒性弥漫性甲状腺肿治疗，除非抑制治疗后甲状腺肿压迫或怀疑恶性变化，否则不应进行手术和碘131放疗。糖皮质激素可以减少肿胀的甲状腺，降低抗体滴度，但停药后可以复发，药物有潜在的不良反应，因此不推荐使用。
大多数桥本甲状腺炎预后良好，但有甲状腺功能减退的自然发展趋势，过去被认为是永久性的，部分替代治疗后甲状腺功能自发恢复。此外，该疾病有淋巴瘤的风险，甲状腺癌的发病率高于对照人群。
因此，桥本甲状腺炎是一种自身免疫性炎症，一般无法治愈，最终会转化为甲状腺功能减退，但部分甲状腺功能减退可以恢复。
