咽峡炎通常是由肠道病毒感染引起的，根据咽峡炎的严重程度，临床症状也有很大差异。
通常，轻度咽峡炎会出现一到两天的轻度和中度发热，但严重的咽峡炎疾病非常紧急，表现为突然高烧，体温可以达到40℃，五到七天后体温会下降，当体温过高时，极有可能出现高热惊厥、易怒、呕吐、腹泻等症状。
咽峡炎的临床症状有：高烧、易怒、食欲不振、唾液流动、全身不适、咽痛、突然疾病等，对于一些年轻患者出现咽炎，伴有呕吐和抽搐症状，口腔黏膜容易出现少数灰白色疱疹。有些患者也可能有唾液增加的症状，并拒绝喝水和进食，因为咽溃疡，当进食和进入水时很容易引起咽痛。
咽峡炎的常见症状如下。症状与手足口病非常相似。应区分两者，避免治疗过程中误诊，延误病情治疗。
