病毒感染是胃肠炎最常见的病因，多种病毒可引起胃肠炎，其次是诺沃克病毒、星状病毒和肠腺病毒。
治疗胃肠炎最重要的是补充水和电解质。通常，患者只需注意休息，喝足够的水（如口服补液盐溶液）。即使是呕吐的患者也应该尽可能多地喝水。哺乳期婴儿应继续母乳喂养。碳酸饮料、茶、运动饮料、含咖啡因的饮料和果汁不适合补液。如果呕吐或腹泻持续时间较长或严重脱水，则有必要进行静脉补液。当呕吐严重时，可以使用止吐药。如果腹泻持续时间超过24～48没有迹象表明细菌感染更严重，可以使用止泻药。儿童通常不建议使用止吐药和止泻药。
抗生素通常不建议使用，因为抗生素可能导致腹泻或促进耐药菌的生长，即使胃肠炎的致病菌已经清楚。然而，一些病原体（如弯曲杆菌、志贺菌、霍乱弧菌等）感染或旅行者腹泻。
对于病毒感染所致的胃肠炎，抗生素并无效果。寄生虫感染所致胃肠炎需使用抗寄生虫药物。
儿童胃肠炎发展迅速，电解质紊乱是一个非常危险的问题，不能掉以轻心，要及时就医。
