在临床工作中，准确诊断功能障碍性子宫出血并不容易，而功能障碍性子宫出血的误诊经常发生。异常子宫出血可由多种疾病引起。
1.妊娠及妊娠相关疾病
（1）流产：当患者没有更年期史，伴有少量不规则阴道出血，特别是近围更年期，容易被误诊为功能障碍性子宫出血。
（2）异位妊娠：部分异位妊娠患者无更年期史，主要表现为不规则阴道出血，部分也可表现为更多的阴道出血，如功能障碍子宫出血雌激素治疗，往往会导致严重后果，可能导致输卵管妊娠破裂。
（3）滋养细胞疾病：近围绝经期葡萄胎患者可能忽视妊娠的可能性，没有葡萄胎史的绒毛癌患者也可能误诊功能障碍性子宫出血，延误诊断时间。
2.生殖器官肿瘤
（1）子宫肌瘤：特别是小粘膜下肌瘤伴不规则阴道出血的围绝经期患者可能被误诊。应了解子宫的基本正常大小，仍有器质性疾病的可能性。如果功能障碍性子宫出血治疗无效，应进一步确定诊断。
（2）宫颈和恶性子宫肿瘤：如子宫内膜癌，主要症状为不规则阴道出血。如果不及时诊断刮伤，可能会被误诊为功能障碍性子宫出血，延误治疗。
(3)功能性卵巢肿瘤:如卵巢颗粒细胞瘤和卵泡膜瘤，由于肿瘤分泌的雌激素作用，子宫内膜增生过长。如果只治疗内膜病变，卵巢肿瘤的诊断就会延迟。
3.生殖器其他器质性疾病 常见的有子宫内膜异位症、子宫肌腺病、盆腔炎、盆腔结核，特别是在子宫内膜结核的早期，以及子宫内膜息肉、宫内节育器引起的不规则阴道出血往往与功能障碍性子宫出血混淆。
4.全身性疾病 包括急性感染、血小板减少症、再生障碍性贫血、白血病、肝硬化、抗凝治疗等，可能在一段时间内被误认为功能障碍性子宫出血。
