结肠过敏的治疗不能仅仅依靠特定的中西药物来达到治愈的目的。结肠过敏的治疗关键在于解决意识形态矛盾。当疾病确诊时，耐心细致地向患者解释疾病的性质、发病机制、病程和预防，消除各种担忧，提高治疗信心，除严重腹痛和腹泻短期休息外，一般可以参加普通工作，加强体育锻炼，增强体质，特别是经常参加一些有益的娱乐活动，促进神经和内脏功能的调整和修复，生活规律，饮食少、清晰、易消化，避免刺激性食物和强调味品，如胡椒、葡萄酒、芥末油等，不要吃生、冷、油腻的食物，尽量少吸烟或不吸烟，便秘，鼓励多纤维蔬菜，发展定期排便规律，必要时服用一些药物对症治疗。
如果遇到精神紧张或愤怒、抑郁、腹痛、腹泻、胸闷、打嗝、少食，可使用疼痛腹泻处方四逆散治疗、处方药党参、白术、云岭、牡丹、风、绿皮、柴胡、橙、甘草、早晚一次，对肠道过敏效果好，一般2～4可控制症状。
有五更泻的病人伴有肚子发凉，腰膝酸软，四肢不温，舌淡苔白的人，属于脾肾阳虚症，治疗上要温补脾肾，用附子理中丸合四神丸加减治疗，方药选用党参、 破故纸、山药、诃子、赤石脂、甘草、肉桂等水煎服，每日2次。
此外，西药可根据情况选择稳定或利眠宁、苯巴比妥、谷维素，口服1片，每天3次。胃痛时，早上空腹口服654-2片、阿托品、 普鲁苯辛或茄子片等，临时选择，每次服用1片，每天服用3次，可缓解胃痛和肠道痉挛，如腹泻和粪便粘液较多，可使用一些抗胆碱药物，并与次碳酸铋或胶氢氧化铝合用，对于严重的水腹泻，特别是神经腹泻，可服用复方苯乙啶（止泻）1～2电影，一天一次，效果好，副作用少，但肝病或婴儿应谨慎使用，或尽量不使用，因为其化学结构与杜冷丁相似，使肠道肌肉收缩抑制，蠕动缓慢，可止泻，但不能长期使用。
此外，还可采用针灸治疗，如大肠俞、天枢、阳陵泉、上湾、神阙、关元、 足三里等。
中药火罐也可用于肚脐窝(相当于神阙穴)，每隔一天或四天一次，适用于寒性腹泻。
