如果不及时治疗，会死于肺炎等并发症。
军团疾病最常见的并发症是呼吸衰竭、休克、急性肾衰竭和多器官衰竭。无一例外，抗生素治疗需要恢复，通常需要几周或几个月才能完全恢复。偶尔，严重的渐进性肺炎或肺炎治疗无效，脑后遗症也可能发生在极少数情况下。
军团疾病的死亡率取决于疾病的严重程度、最初抗微生物治疗的适宜性、感染军团疾病的环境和宿主因素（在抑制免疫反应的患者中，疾病通常更严重）。病例死亡率高达不接受治疗的患者40–80％，临床症状和征兆的严重程度可以通过适当的病例管理来减少5–30％。对于能形成免疫反应的人，死亡率通常是10-15％的范围之内。
腹膜和胰腺炎、肺梗死、脑水肿等也可并发。
