环境原因
环境或专业暴露在铅、一氧化碳或某种化学物质中。使用某些药物或过量饮酒。缺乏睡眠、压力或激素变化。停止使用一些抗抑郁和抗焦虑药物。
遗传原因
在不同的家庭中发现了许多类型的脑炎后遗症，有些家庭被发现有特殊的基因异常。这些基因异常会导致钙、钾、钠和其他化学物质的微妙代谢变化。遗传因素通常不会直接导致脑炎后遗症，但会间接影响疾病的发展。基因会影响患者的药物代谢途径或局部脑神经元畸形。
颅脑损伤
颅脑损伤可导致脑炎后遗症。如果颅脑损伤严重，近年来可能会发生。如果损伤轻微，发作风险相对较小。
其它疾病
脑损伤的疾病往往是脑炎后遗症的原因。有时治疗原发性疾病可以预防脑炎后遗症的发展。但也有病例，原发性疾病治愈后继续发作。发作能否停止取决于原发性疾病的类型、受侵脑组织的部位和脑损伤的程度。
产前损伤
对于胎儿来说，大脑的发育对产前损伤非常敏感。孕妇感染、饮食不当、吸烟或滥用药物和饮酒会导致产前损伤。
