根据房间间隔缺损的大小和左右分流量，应采取不同的治疗措施。
1.大量左右分流的儿童在手术前常合并肺炎、心力衰竭等内科疾病。此时，需要进行内科治疗，如积极用抗生素控制肺炎和呼吸道感染；心力衰竭患者应进行抗心力衰竭治疗，如地高辛、利尿剂和扩张性血管药物。
2.对于左右分流较多的房间隔缺损儿童，无内科并发症时，需要手术治疗。房间隔缺损一般在体外循环下修复。特别是近30年来，我国心脏外科发展迅速，技术日益成熟，对房间隔手术矫正畸形的疗效满意。手术的适宜年龄是4~5岁。
3.近年来，中国开展了一项新技术，用无开胸的方法治疗房间隔缺损。通过使用心脏导管关闭房间隔缺损，即心脏导管成功地用微型折叠伞关闭了房间隔缺损，给房间隔缺损的儿童带来了好消息。
4.对于无症状的房间隔缺损，即医学上称为小块损伤者，由于没有明显的血液动力学变化（左右流量较少），不需要手术治疗，但必须定期到医院检查心脏。
