有临床表现的感染大致分为两种类型。
1.流行的 ，也被称为婴儿类型。常见于体重低、营养不良或先天性免疫缺陷的婴儿。隐藏疾病，呼吸增长是最早的呼吸道症状，然后是干咳、呼吸困难、鼻扇、发绀等症状。未及时治疗的病死率达到50％。
2.发型 又称儿童-成人型。多见于免疫功能低下或有缺陷的人群。发烧、咳嗽、呼吸困难、发绀等疾病迅速发生，但声音很少。病程短的人可以4～8天内死亡。X线胸部变化常迟于临床表现。如无特效治疗，无论成人或儿童，病死率高达90％～100％。两种肺X线性表现为弥漫性、双侧条索或斑点阴影。肺炎和肺底受累较少。它可以迅速发展，导致肺实变。实变病变中常有广泛或局限性肺气肿后小段肺不张。有些病例可见气胸、胸水、肺结节阴影等。动脉血氧分压通常低于10.7kPa(80mmHg)，C02正常或低分压，动脉血pH常增高。
除上述临床表现外，还应进行以下检查：
1.血象 白细胞计数正常或升高，多为(15～20)×109/L，嗜酸性粒细胞在分类正常或核左移时可轻微增加。
2.病原体检查 痰检查最方便、最安全，可通过离心沉淀、涂片进行染色镜检查。支气管肺泡灌洗液或肺活检标本可诊断为卡氏肺囊虫滋养体和包囊。近年来，各种染色法（如甲苯胺蓝染色法）和PCR检出率大大提高。
