肛瘘的病因很多。现在，最常见的是各种感染因素。感染方式不单一。最常见的是直接感染细菌和相邻器官炎症的传播。例如，肛周脓肿就是其中之一。以下是肛瘘的常见因素总结如下：
①肛肠疾病的发展，肛周脓肿是肛瘘的常见原因之一，由于患者日常排便问题，会导致粪便滞留肛窝，引起肛腺炎，导致肛周脓肿，患者往往不注意，肛周脓肿、脓、脓腔逐渐缩小，外部溃疡和切口也缩小，腔壁形成结缔组织增生硬管壁，即瘘管，形成肛瘘。
②由结核杆菌、放线菌等感染引起的脓肿，克隆氏病等难以自愈，形成特殊肛瘘。
③直肠肛门损伤和创伤。上海中友肛肠医院专家强调，消化道骨异物、金属、肛门表面和肛门窥镜检查肛管直肠损伤，细菌侵入伤口可引起肛周脓肿，不及时治疗，可导致肛瘘。
肛门部位的卫生是非常关键的，要知道的是，肛门部位皮肤组织比较特殊，最容易藏污纳垢，在夏季，也可以说是人体细菌集中最多的部位之一，若是身体免疫力较差，以及不重视卫生的话，就可以引起肛瘘的发病。
