（1）双肾积水（由先天性疾患或后天性输尿管梗阻所致）：可出现双侧胁腹部包块并有肾功能受损的表现。但肾盂静脉造影及超声检查将显示这些表现与多囊肾有很明显的不同。
(2)双侧肾肿瘤:这种疾病很少见，但在尿路造影中可以想象多囊肾。当多囊肾一侧肾较小或尿路造影不显示扭曲变形时，很难识别一侧肾肿瘤。但肿瘤往往局限于肾脏的一部分，而多囊肾囊肿覆盖整个肾脏。单侧肾肿瘤的总肾功能可以正常，而多囊肾的总肾功能往往受损。CT或者肾血管造影可以用来鉴别这两种疾病。闪烁扫描或超声检查也有助于鉴别诊断。
（3）Von Hippel-Lindau疾病（小脑血管瘤囊肿、视网膜血管瘤、胰腺肿瘤或囊肿）：双肾多发性囊肿或腺癌可进行性发展。尿路造影或肾断层X根据其他特征性表现，光摄影可以显示多囊肾。CT、可确定血管造影、超声图像或闪烁摄影。
（4）结节性硬化（阵发性抽搐、智力发育迟缓和皮脂腺瘤）：皮脂腺瘤常累及皮肤、大脑、视网膜、骨骼、肝脏、心脏和肾脏。肾脏损伤通常是多发性双侧性的，血管脂肪瘤可以在显微镜下看到。尿毒症期尿路造影易提示为囊肾，其他特征表现及CT可以识别和超声场景。
(5)单纯性肾囊肿:一般单侧单发，总肾功能正常。尿路造影可显示为单一病变，多囊肾为双侧病变。
