其他病变引起的青春期延迟有两类：高促性腺激素性腺功能减退和低促性腺激素性腺功能减退。前者病变发生在性腺中，包括睾丸或卵巢发育不全或原因引起的功能衰竭。它们的共同特征是血浆LH和FSH水平显著提高，不难识别。后者的病变在下丘脑(如Kallmann综合征)或垂体(如垂体或鞍上区肿瘤等。LH和FSH水平降低，但是降低的程度和对GnRH反应程度不均匀，即垂体损伤程度不同。此外，还有原发性疾病（如肿瘤）的表现，不难识别。(Kallmann)综合征有嗅觉减退或缺乏容易识别，没有嗅觉缺乏不容易识别，没有有效的临床试验可以识别特发性青春期延迟和没有嗅觉缺乏卡尔曼综合征，常见的方法是18岁，即18岁仍没有青春期患者，可诊断为卡尔曼综合征或特发性低促性腺激素性腺功能减退。
