本病可并发充血生心力衰竭和细菌性心内膜炎，以及一些术后并发症：
（1）当冠状动脉瘘瘘有多个瘘管时，可形成类似海绵的血管丛。冠状动脉瘘进入右心腔可导致肺循环血流量增加，肺动脉压力增加。进入左心室的人会导致左心负荷增加和左心室肥厚。病程持续时间长，瘘管逐渐增加，分流量增加，心脏负荷增加，可导致充血性心力衰竭。充血性心力衰竭是指心脏无法与静脉回流和身体组织代谢相称的血液供应。心肌衰竭通常由各种疾病引起，导致心肌收缩能力减弱，从而减少心脏的血液输出，不足以满足身体的需要，从而产生一系列的症状和体征。心肌衰竭分为左心衰竭和右心衰竭。左心衰竭主要表现为疲劳、呼吸困难、劳动呼吸困难，最终演变为休息呼吸困难，只能坐着呼吸。阵发性呼吸困难是左心衰竭的典型表现，多于睡眠、胸部急性、气急性、哮喘、哮喘、下肢急性肺水肿，尤其是急性肺其是急性肺尿液分离症状。
(2)约5~10％冠状动脉瘘病例可并发性细菌性心内膜炎。当细菌（微生物）进入血流，寄宿在心脏内，并在这里繁殖和引起感染时，发生了心菌性心内膜炎。正常心脏内膜光滑，细菌难以附着在上面。然而，先天性心脏病患者的心内膜上可能有一个粗糙的区域，这是由异常缺陷或瓣膜泄漏的压力引起的。即使在手术后，由于疤痕组织的形成或引导血液流动的补充剂，粗糙的表面仍然可能存在。这种心脏的粗糙表面是细菌停留和繁殖的诱人和合适的地方。主要临床表现为：（1）心脏表现：早期无噪音，短期内个别疾病出现新噪音，迅速变得高调、粗糙、心力衰竭。（2）葡萄球菌感染可并发肺脓肿、脑脓肿等迁移脓肿，表现为咳嗽、呼吸困难、抽搐、偏瘫等。（3）白细胞增加，多次性贫血，连续性贫血培养阳性率高。
（3）对于手术患者，早期并发症包括：股动脉血栓形成、瘘管壁穿孔心包积液、心肌缺血、残余瘘、弹簧圈脱位栓塞、肌酸激酶轻度升高T 波倒置和暂时性心律失常。为了安全有效地堵塞冠状动脉瘘，减少并发症，应适当抗凝，轻轻操作，避免反复拉丝，尽量将弹簧圈放置在瘘管的远端，正确选择弹簧圈，注意不要将弹簧圈与冠状动脉分离。所选弹簧圈的直径通常约为所需的冠状动脉瘘的最小直径130％为防止残余瘘和弹簧圈脱落，还可根据病情选择多个弹簧圈。
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