本病无症状，只有脓尿，也有典型的尿路感染，甚至肾功能衰竭。有系统性真菌感染者，常有发热、寒战等全身症状。尿路真菌病有以下类型:
1.肾盂肾炎 的临床表现与细菌性肾盂肾炎相似，可表现为急性或慢性。主要有两种形式：一种是多发性肾皮质脓肿；另一种是集合管或乳头弥散性真菌浸润，可导致乳头坏死。这两种形式经常同时出现，通常伴有真菌球。
2.膀胱炎在女性中很常见，常继发于细菌性膀胱炎治愈后。主要症状有尿频、尿急、夜尿、尿浊或血尿，偶有气尿(由尿中念珠菌对尿中糖的发酵引起)，有时膀胱内可见大真菌球和肉芽肿。
3.输尿管梗阻 是由真菌球引起的。如果真菌球移到输尿管，就会出现肾绞痛。如果双侧输尿管完全梗阻，就会出现无尿、肾盂积液等。
4.肾乳头坏死 临床表现与一般肾乳头坏死相同。IVP 可见多个不规则的小空洞。
5.瘘管型 有报道称，膀胱结肠瘘管和尿路皮肤瘘可发生皮炎芽生菌、组织胞浆菌和新型隐球菌尿路感染。
